F-46樹脂和聚四氟乙丙烯一樣，也是完全氟化的結構，不同的是聚四氟乙烯主鏈的部分氟原子被三氟甲基(-CF3)所取代，結構式如下:
由此可見，F-46樹脂和聚四氟乙烯雖都由碳氟元素組成，碳鏈周圍完全被氟原子包圍著，但F-46其大分子的主鏈上有分支和側鏈。這種結構上的差彆對於材料在長期應力下的溫度範圍上限來看，無很大影響，F-46的上限溫度為200℃，而聚四氟乙烯的*高使用溫度是260℃。但是，這種結構上的差彆，卻使F-46樹脂具有相當確定的熔點，並可用一般的熱塑性加工方法成型加工，使加工工藝大為簡化。這是聚四氟乙烯所不具備的。這便是用六氟丙烯改性聚四氟乙烯的主要目的。
